I Alternativt Samfunn nr. 3/2000 er det gjengitt en korrespondanse mellom Marie Hamsun og biskop Eivind Berggrav. Overskriften er: «En biskop som dømte og en kvinne som ble dømt.» Bare å nevne navnet Berggrav er som å vifte med en rød klut for mange, men i den nevnte brevvekslingen framtrer biskopen som mild og forsonlig.

I historiebøkene nevnes Berggrav som den ledende i kirkekampen under okkupasjonen. Hyrdebrevet «Kirkens Grunn» med brodd mot det nye styre ble lest i kirkene 1. påskedag 1942, og de fleste prester la ned sine embeder. Ca. 10% av prestene (ca. 70 stk.) holdt en annen kurs. 

Mange forestiller seg at Kirken under krigen førte en åndelig kamp mot antikrist representert ved okkupasjonsstyret.  Mindretallet innen kirken, de. 10 %, kan på sin side hevde at de kjempet mot antikrist i form av kommunisttrusselen. Det gir like god mening om den religiøse retorikken skrelles vekk. Flertall og mindretall kjempet nok helst en verdslig kamp i allianse med høyst verdslige makter. Realiteten var at kirkens flertall kom til å spille på lag  med krefter som før krigen sang: «Stryk kristenkorset fra ditt flagg, og heis det rent og rødt!» I 1943 formulerte de en plan for etterkrigsoppgjøret, som minner om de utrensninger av klassefiender som enkelte totalitære samfunn er kjent for. Det ville i høyeste grad ramme familiene og barna til «forbryterne»:

De som er medlemmer, opprettholder medlemskap eller søker opptagelse som medlem av Nasjonal Samling, fradømmes for alltid eller for et bestemt tidsrum tap av almen tillit. I tillegg hertil kan ilegges bøter på opptil en million kroner. - - Med andre ord: De som er medlemmer av NS vil når tiden kommer bli satt helt utenfor samfunnet både sosialt, økonomisk og politisk.

Professor Bernt T. Oftestad ved Menighetsfakultetet har skrevet en lengere artikkel om «Landssvikoppgjøret mot prestene i den norske kirke» (Tidsskrift for kirke, religion og samfunn, nr. 1/1997). Under krigen hadde kirken påberopt seg en selvstendig stilling i forholdt til verdslige myndigheter (okkupasjonsstyret), og denne stillingen håpet den å beholde etterpå. Oppgjøret med prestene som ikke hadde fulgt parolene, skulle være en intern kirkesak uten innblanding fra myndighetene. Vi kan bare tenke oss hvordan et slikt oppgjør ville sett ut. Kolleger er kolleger, noe som ofte er viktigere enn politisk syn, og de avvikende prestene var stort sett like ærlige og oppriktige kristne som  flertallet. Historikeren Nils Johan Ringdal har fortalt hvordan et slikt internt, kollegialt oppgjør ble gjennomført i politiet - det ble betydelig mildere enn i resten av samfunnet.

Etterkrigstidens myndigheter, av samme politiske valør som krigstidens Londonregjering,  ville ikke ha en  fristilt kirke, og kjørte NS-prestene gjennom det vanlige rettsapparatet. Oftestad summerer resultatet på denne måte:

NS-prestene ble de store tapere, hjemfalne til straff og sosial utstøtelse, men også de som bar kirkekampen, særlig Eivind Berggrav, tapte ved landssvikoppgjøret. Det norske samfunns politiske maktelite, som var den politiske seierherren i 1945, var også den kirkelige seierherren. - - -  Den norske kirke forble den moderne statens religionsvesen som den hadde vært siden enevoldstiden.

I 1945 skrev Berggrav pamfletten «Folkedommen over NS», og er av den grunn blitt regnet som en viktig pådriver for rettsoppgjøret. Dette er bare delvis riktig. Etter streng og rettferdig straff for konkrete forbrytelser skulle saken være avgjort og kristen tilgivelse tre i kraft. Langvarig  utstøtelse og evig skyld var i hvert fall ikke i kirkens bøker. Men fromme ønsker var lite verdt. Kirken hadde tatt en marxistisk tiger i halen, og klarte ikke å holde kontrollen.